เกมเอนจิน Godot มี 2 ระบบ คือ ระบบที่ใช้งาน GDScript ที่มีหลักภาษาคล้ายกับภาษาไพธอนเป็นภาษาสำหรับควบคุมการทำงาน กับระบบที่ใช้ภาษา C# ในการทำงาน โดยขั้นตอนพื้นฐานในการใช้งานจะเป็นดังนี้
1. สร้างโครงงานใหม่ด้วยการคลิกเลือก New Project
2. กำหนดที่เก้บโครงงาน และตั้งชื่อโครงงาน หลังจากนั้นคลิกที่ Create Folder แล้วคลิกที่ปุ่ม Create&Edit เพื่อเข้าสู่โหมดการแก้ไขโครงงาน
3. เลือกการสร้าง Scene เป็น Node2D และบันทึกไฟล์ฉาก (Scene) เอาไว้
4. ใน Tab ชื่อ Inspector ให้เลือกสร้างสคริปต์ด้วยการคลิกที่ Script และเลือก New Script
5. เลือกภาษาเป็น C# และคลิก Create เพื่อสร้างไฟล์ที่มีนามสกุลเป็น .cs
6. โครงสร้างของไฟล์เป็นดังโปรแกรม 1-10 จะพบรายการทรัพยากรดังในภาพที่ 1-4 อันประกอบไปด้วยภาพไอคอนของโปรแกรม ไฟล์ฉากที่สร้างขึ้น (ในภาพตั้งชื่อเป็น MainScene.tscn) และไฟล์ภาษา C# (ชื่อ MainScene.cs)
